蛋白實(shí)驗常見(jiàn)問(wèn)題
1、蛋白樣品不能反復凍融;
2、蛋白樣品應加蛋白酶抑制劑,以增加蛋白的穩定性(建議最好能多加幾中種蛋白酶抑制劑,具體細節請聯(lián)系本公司技術(shù)人員);
3、細胞水平要做Western Blot,一般地5×106個(gè)細胞提取的蛋白夠就足Western Blot;
4、如果目標蛋白是膜蛋白和胞漿蛋白,所用的去垢劑就要溫和得多,建議提取后最好加上NaF去抑制磷酸化酶的活性;
5、若轉膜不完全,可以加大上樣量,還有轉移時(shí)你可以用降低電流延長(cháng)時(shí)間,轉膜液中甲醇的比例多加5-10%;
6、如果上樣量超載,可以濃縮樣品,也可以根據你的目標分子量透析掉一部分小分子蛋白。一般地,超載30%是不會(huì )有問(wèn)題的。如果已經(jīng)超了不少了,而且小分子量的也要,可以考慮加大膠的厚度,可以試試1.5mm的 comb;
7、蛋白變性后,-80℃,一兩年沒(méi)有問(wèn)題。最關(guān)鍵兩條:不要被蛋白酶水解掉;不要被細菌消化掉(也是被酶水解了);
8、脫脂奶粉中含生物素,如果實(shí)驗中有涉及到“生物素”請將封閉液改為BSA封閉;
9、做200kd以上蛋白的Western Blot時(shí)要注意,分離膠最好選擇>7%的;剝膠時(shí)要小心;轉移時(shí)間需要相應延長(cháng);要做分子量參照(否則出現雜帶不知道如何分析);
10、蛋白的上樣量要根據實(shí)驗的要求來(lái)定,如果要求是定量和半定量的Western Blot則上樣量要均等,如果只是要定性,則沒(méi)有太大的關(guān)系,盡量多上就行了,但是不要超過(guò)0.3μg/mm2;
11、一抗,二抗的比例是比較重要,調整好一抗,二抗的比例,可以去掉部分非特異的本底;12、免疫組化和Western Blot可以用同一種抗體嗎?
解答:免疫組化時(shí)抗體識別的是未經(jīng)變性處理的抗原決定簇(又稱(chēng)表位),有些表位是線(xiàn)性的,而有的屬于構象型;線(xiàn)性表位不受蛋白變性的影響,天然蛋白和煮后的蛋白都含有;構象型表位由于受蛋白空間結構限制,煮后變性會(huì )消失。如果你所用的抗體識別的是蛋白上連續的幾個(gè)氨基酸,也就是線(xiàn)性表位,那么這種抗體可同時(shí)用于免疫組化和Western,而如果抗體識別構象形表位,則只能用于免疫組化。一般抗體說(shuō)明書(shū)上都有注明此種抗體識別的氨基酸區間。(限于單抗);
13、抗體工作溶液一般不主張儲存反復使用,但是如抗體比較珍貴,可反復使用2-3次。稀釋后應在2-3天內使用,4度保存,避免反復凍融;
14、NC膜 PVDF膜 尼龍膜的差異。
尼龍膜是較理想的核酸固相支持物,有多種類(lèi)型;硝酸纖維素膜是目前應用最廣的一種固相支持物,價(jià)格最便宜;PVDF膜介于二者之間。
就結合能力而言:尼龍膜結合DNA和RNA能力可達480-600μg/cm2,可結合短至10bp的核酸片段;硝酸纖維素膜結合DNA和RNA能力可達80-100μg/cm2,對于200bp的核酸片段結合能力不強;PVDF膜結合DNA和RNA能力可達125-300μg/cm2。
就溫度適應性而言:尼龍膜經(jīng)烘烤或紫外線(xiàn)照射后,核酸中的部分嘧啶堿基可與膜上的正電荷結合;硝酸纖維素膜依靠疏水性相互作用結合DNA,結合不牢固;PVDF膜結合牢固,耐高溫,特別適合于蛋白印跡。
就韌性而言:尼龍膜較強;硝酸纖維素膜較脆,易破碎;PVDF膜較強。
就重復性而言:尼龍膜可反復用于分子雜交,雜交后,探針?lè )肿涌山?jīng)堿變性被洗脫下來(lái);硝酸纖維素膜不能重復使用;PVDF膜可以重復使用。
15、在做Western Blot時(shí),PVDF膜用甲醇浸泡的目的。
PVDF膜用甲醇泡的目的是為了活化PVDF膜上面的正電基團,使它更容易跟帶負電的蛋白質(zhì)結合,做小分子的蛋白轉移時(shí)多加甲醇也是這個(gè)目的。
16、膜、濾紙、膠大小有何講究?
解答:如果用的是半干法,順序為:陰極-濾紙-膠-膜-濾紙。濾紙的長(cháng)寬分別比膠面小1-2mm,而膜的長(cháng)寬分別比膠大1-2mm。絕對禁忌:上下兩層濾紙因為過(guò)大而相互接觸,這樣會(huì )短路,電流不會(huì )通過(guò)膠和濾紙。
17、電泳時(shí)Marker總跑不全所有條帶,即使用增大膠濃度仍不全?
檢查兩種緩沖液Tris-HCl(pH 8.8和 pH 6.8),有可能有長(cháng)菌現現象,建議重配兩種緩沖液。
18、Western Blot染色的選擇
(1)陰離子染料是最常用的,特別是氨基黑,脫色快,背景低檢測極限可達到1.5μg,考馬斯亮藍雖然與氨基黑有相同的靈敏度,但脫色慢,背景高。麗春紅S和快綠在檢測后容易從蛋白質(zhì)中除去 ,以便進(jìn)行隨后的氨基酸分析。缺點(diǎn)是:溶劑系統的甲醇會(huì )引起硝化纖維素膜的皺縮或破壞。不能用于正電荷的膜。靈敏度低。
(2)膠體金,靈敏度高,檢測范圍可到pg級,但染色不穩定。
(3)生物素化靈敏度位于1、2之間,可用于任何一種膜。
19、轉膜液加甲醇的目的是什么?
加甲醇起著(zhù)一定的固定作用,因為小分子蛋白質(zhì)容易轉出去.(特別是在硝酸纖維素膜上,因為NC膜結合蛋白質(zhì)的能力較弱)。
20、轉膜時(shí)何為濕法,何為半干法?
半干法和濕法轉移是兩種不同的轉移裝置下的轉移系統,將膜,膠,濾紙整個(gè)浸泡在buffer的Tank里轉移的,叫濕法;用濾紙吸buffer來(lái)做轉移體系的叫半干法。
21、為什么濃縮膠和分離膠的電壓不一致?同樣的電壓可以嗎?
濃縮膠的目的使得loading 的樣品能夠在同一條水平線(xiàn)上進(jìn)入分離膠 ,如果電壓太大前端的蛋白容易在后面的蛋白趕上來(lái)前進(jìn)入分離膠。而在分離的理論上(實(shí)際上也是)小電壓長(cháng)時(shí)間分離的效果會(huì )更好,但是在操作過(guò)程中沒(méi)有必要等那么長(cháng)的時(shí)間,所以就用大電壓快點(diǎn)跑。